Il Consiglio dello IUFFP è l’organo di conduzione dello IUFFP. È composto da nove membri nominati dal Consiglio federale.
Il Consiglio dello IUFFP definisce gli scopi strategici dello sviluppo dello IUFFP nel quadro del mandato di prestazione; inoltre è responsabile, verso il Consiglio federale, per l’adempimento del mandato di prestazione e per il rispetto del preventivo.