En matière de gestion de la qualité, l’IFFP organise ses activités en fonction de la stratégie globale (mandat de prestations du Conseil fédéral) et définit en conséquence les mesures qui s’imposent. La stratégie de qualité de l’Institut se fonde sur les objectifs supérieurs et sectoriels. L’exigence d’impact et de visibilité de l’IFFP se trouve au cœur de ses efforts en termes de qualité.
La gestion de la qualité de l’Institut se fonde sur les principes du modèle EFQM. L’IFFP, dont l’objectif est de garantir et de développer constamment la qualité de ses prestations, est au bénéfice du label suivant :
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EFQM European Foundation for Quality Management
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L’IFFP a obtenu le label de qualité «Committed to Excellence (C2E)» en décembre 2008.
Les filières de « 
formation pour les responsables de la formation professionnelle » sont officiellement soumises à « la procédure de reconnaissance de l’OFFT ». Par décision datée du 22 décembre 2009, l’OFFT a reconnu les « filières de formation destinées aux formateurs et formatrices dans les cours interentreprises ». La filière M Sc en formation professionnelle de l’IFFP est accréditée depuis le 6 décembre 2010.