Der EHB-Rat ist das strategische Führungsorgan des EHB. Er setzt sich aus neun vom Bundesrat gewählten Mitgliedern zusammen.
Der EHB-Rat legt die strategischen Ziele für die Entwicklung des EHB im Rahmen des Leistungsauftrages fest. Er ist dem Bundesrat für die Erfüllung des Leistungsauftrags und die Einhaltung des Budgets verantwortlich.